1、性质不同，国有控股企业是指国家资本向相关企业进行投资入股，从而获得了对该企业的控制性股权，进而能够在很大程度上影响乃至决定企业的生产经营决策方向，而国有独资企业则是指由国家独自出资成立的有限责任公司。
2、管理体制方面，国有控股企业中的国有资产管理必须严格遵守相关法律法规的规定，而国有独资企业则由国有资产监督管理机构直接行使股东会的各项职权。
3、设立差异，国有独资公司应当按照法律所规定的有限责任公司设立条件及程序来进行组建，国家控股公司往往是由国家单独投资设立，经过国务院的批准后，对授权范围内的国有资产行使所有者权利，并通过控股的方式开展资产经营活动。
4、职能与作用不同，国有独资公司是由国务院或者地方人民政府授权的国有资产监督管理机构履行出资人职责的有限责任公司，其章程由国有资产监督管理机构制定或者由董事会拟定并上报审批，而国有控股公司则是对授权范围内的国有资产行使出资者所有权，从事资产经营活动并依法登记注册的特殊企业法人。
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